MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens ATCC 13124 chromosome

Total Repeats: 18279

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008261	AAC	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008261	AAT	2	6	143	148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008261	TAT	2	6	166	171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008261	TTA	2	6	174	179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008261	T	6	6	180	185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008261	TA	3	6	223	228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008261	CAA	2	6	240	245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008261	TTG	2	6	262	267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008261	T	7	7	272	278	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008261	ATA	2	6	279	284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008261	TAA	2	6	313	318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008261	TAA	2	6	340	345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008261	GGA	2	6	399	404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008261	ATA	2	6	1797	1802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008261	TAT	2	6	1809	1814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008261	ATT	2	6	1832	1837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008261	TAT	2	6	1843	1848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008261	T	6	6	1848	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008261	TTATT	2	10	1859	1868	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008261	A	6	6	1910	1915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008261	TACTAT	2	12	1971	1982	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008261	TAT	4	12	1980	1991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008261	TAT	2	6	1995	2000	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008261	AT	3	6	2007	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008261	TAT	2	6	2014	2019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008261	AGG	2	6	2064	2069	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008261	T	6	6	3239	3244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008261	ATTTT	2	10	3245	3254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008261	T	7	7	3251	3257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008261	TG	3	6	3292	3297	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008261	AGG	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008261	TTA	2	6	4953	4958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008261	ATTT	2	8	4965	4972	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008261	ATTT	2	8	5004	5011	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008261	AAT	2	6	5053	5058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008261	GTT	2	6	5098	5103	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008261	ATT	2	6	5108	5113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008261	TGC	2	6	5140	5145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008261	TA	3	6	5146	5151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008261	GGA	2	6	5152	5157	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008261	T	7	7	9659	9665	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008261	T	6	6	9696	9701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008261	ATA	2	6	9709	9714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008261	ATAA	2	8	9719	9726	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008261	TTA	2	6	9751	9756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008261	ATT	2	6	9762	9767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008261	AAAT	2	8	9801	9808	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008261	ATATA	2	10	9816	9825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008261	AAT	2	6	9844	9849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008261	ATATA	2	10	9885	9894	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008261	CAA	2	6	9971	9976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008261	A	6	6	9980	9985	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008261	A	6	6	10006	10011	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008261	T	6	6	10013	10018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008261	GAA	2	6	10019	10024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008261	AAG	2	6	10060	10065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008261	AGA	2	6	10107	10112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008261	GGC	2	6	10205	10210	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008261	GCG	2	6	10263	10268	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008261	CAT	3	9	10358	10366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008261	TGG	2	6	10419	10424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008261	CGA	2	6	10443	10448	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008261	GCA	2	6	10517	10522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008261	GCA	2	6	10557	10562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008261	CGC	2	6	10564	10569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_008261	GTGA	2	8	10570	10577	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008261	AGG	2	6	10633	10638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008261	CAG	2	6	10660	10665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008261	GAT	2	6	10729	10734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008261	TGC	2	6	10770	10775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008261	AGGAG	2	10	10801	10810	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008261	GAA	2	6	10852	10857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008261	CT	3	6	10876	10881	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008261	GCC	2	6	10995	11000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_008261	GAA	2	6	11113	11118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008261	GGT	2	6	11187	11192	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008261	GTC	2	6	11201	11206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008261	TCGTG	2	10	11210	11219	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_008261	GTTA	2	8	11260	11267	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008261	AGG	2	6	11312	11317	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008261	ATC	2	6	11337	11342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008261	AC	3	6	11364	11369	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008261	AG	3	6	11389	11394	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008261	AC	3	6	11532	11537	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008261	AGG	2	6	11591	11596	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008261	CCT	2	6	11673	11678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_008261	GAT	2	6	11708	11713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008261	ATA	2	6	11726	11731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008261	GA	3	6	11747	11752	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008261	TC	3	6	11756	11761	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008261	TAATT	2	10	11787	11796	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008261	ACA	2	6	11804	11809	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008261	GGA	2	6	12077	12082	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008261	AGAA	2	8	12085	12092	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008261	TAG	2	6	12106	12111	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008261	GCGA	2	8	12114	12121	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008261	ACC	2	6	12314	12319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_008261	TAC	2	6	12333	12338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008261	TGA	2	6	12340	12345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008261	GGGAG	2	10	12390	12399	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008261	TGA	2	6	12454	12459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008261	GGA	2	6	12629	12634	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008261	TC	3	6	12716	12721	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008261	AGT	2	6	12753	12758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008261	TAAGT	2	10	12916	12925	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008261	AGC	2	6	12972	12977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008261	CATT	2	8	12978	12985	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008261	GA	3	6	13013	13018	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008261	ACC	2	6	13051	13056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_008261	CGT	2	6	13097	13102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008261	TTA	2	6	13315	13320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008261	AGG	2	6	13336	13341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008261	GT	3	6	13345	13350	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008261	GCTA	2	8	13351	13358	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008261	AG	4	8	13484	13491	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008261	AGT	2	6	13493	13498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008261	AGGT	2	8	13520	13527	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008261	GAG	2	6	13528	13533	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008261	CGG	2	6	13547	13552	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008261	CGG	2	6	13775	13780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008261	TGG	2	6	14025	14030	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008261	ACC	2	6	14046	14051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_008261	GGC	2	6	14075	14080	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008261	CCT	2	6	14134	14139	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_008261	GGT	2	6	14270	14275	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008261	TCG	2	6	14385	14390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008261	CGT	2	6	14465	14470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008261	GAG	2	6	14514	14519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008261	GTT	2	6	14568	14573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008261	GAA	2	6	14689	14694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008261	TAAAT	2	10	14780	14789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008261	ATT	2	6	14836	14841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008261	TGA	2	6	14873	14878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008261	TG	3	6	14959	14964	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008261	GGT	2	6	14973	14978	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008261	CCA	2	6	15063	15068	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_008261	CCA	2	6	15144	15149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_008261	T	7	7	15174	15180	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008261	AT	3	6	15192	15197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008261	AAAT	2	8	15207	15214	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008261	CA	3	6	15276	15281	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008261	TA	3	6	15294	15299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008261	AG	3	6	15305	15310	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008261	ATA	2	6	15341	15346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008261	TA	3	6	15345	15350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008261	TAA	2	6	15929	15934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008261	TAAA	2	8	15950	15957	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008261	TTA	2	6	15960	15965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008261	AAT	2	6	15995	16000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_008261	TAT	2	6	16123	16128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_008261	TA	3	6	16238	16243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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448	NC_008261	TA	3	6	67983	67988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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